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分子模型與視覺化軟體(一)
宜蘭縣羅東國中  賴思明老師

 

想在課堂上用電腦秀出DNA結構?或投影出甲烷、乙烯等有機分子嗎?利用現有的資料庫,與分子視覺軟體,就可以達成。本篇介紹DNA分子的取得與網頁上的呈現。

  1. 首先, DNA分子座標檔的取得,可自PDB網站取得,有不同狀態的DNA分子可使用,網址為:http://www.rcsb.org/pdb/101/motm.do?momID=23 ,裏面己經蒐集好不同型式的DNA模型,只要點選進入即可看到互動的3D模型,若提示jmolApplet,選擇執行即可。這裏我們選擇第一個B form的DNA模型:
    mv-01.jpg

  2. 網頁中已經可以看到DNA 分子了,可經由右鍵選單,調整呈現的狀態:
    mv-02.jpg 

  3. Style選Cartoon,Color選By Chain,就可以呈現雙股螺旋的DNA模型了!
    mv-03.jpg


  4.  滑鼠操作:
    (1)按滑鼠左鍵,並上下左右拖曳,可使分子上下左右旋轉。
    (2)Shift+滑鼠左鍵,或用滾輪,可以放大縮小分子。
    (3)Shift+滑鼠右鍵,可使分子在xy平面(沿z軸)旋轉。
    (4)Ctrl+滑鼠右鍵,可水平移動分子。


  5. 在網頁上固然方便,但若能下載到電腦操作,會更方便,在網頁上選file,格式為PDB File,選download存在電腦上,檔名為1BNA.pdb。
    mv-04.jpg 


  6. 已下載的檔案:1BNA.pdb 如何由電腦本身開啟呢?我們需要分子視覺化軟體來幫忙,例如網頁中所使用的Jmol,下回我們再介紹幾種好用的分子視覺化軟體。

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